医学遗传学系现主要承担北京大学医学部基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、公共教学学院的课程。面向研究生开设了“高级医学遗传学”、“细胞遗传学研究方法与技术”；面向本科生开设了专业必修课“医学遗传学”、“生物学导论”，一级选修课程“医学遗传学进展”和二级选修课程“潜水医学”。本科生有八年制、六年制、五年制和四年制等多轨道生源。学系先后参加医学部“新途径教学改革”，“新时代教改”，参加“医学分子细胞遗传基础”、“人体形态与功能”、“神经/血液/呼吸系统”整合课程。全系教员积极投身教材建设，近年主编、参编教材20余部。培养本科创新人才百余名，并申请创新人才立项20余项。主持校级教改项目3项。荣获校级、院级个人/集体教学优秀等奖项10余项。